Thomas Pehlken wurde 1970 in Oldenburg (i. O.) geboren. Nach seiner umfassenden musikalischen Ausbildung in seiner Jugendzeit ging Pehlken 1992 an die Musikhochschule in Köln, wo er 1996 das A-Examen für Kirchenmusik bestand und im Sommer 2000 das Diplom in der Fachrichtung Komposition ablegte. 1998 und 1999 studierte er an der renommierten Akademia Muzyczna in Krakau/Polen.
Seit August 1998 arbeitet Pehlken als Musikredakteur bei Klassik Online (www.klassik.com), wo er die Multimediareihe "100 Meisterwerke" herausgibt.
Pehlken konzertiert im In- und Ausland sowohl als Pianist als auch als Organist, sammelte Erfahrungen als Dirigent und ist nicht zuletzt als Komponist erfolgreich. Darüber hinaus ist er seit 1993 als Organist und Chorleiter an der Ev. Nathanaelkirche in Köln tätig.